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フコイダンの種類には、昆布科から抽出された三糖類のフコイダンとナガマツモ科の沖縄モズクから抽出された沖縄モズクフコイダンとがあります。フコイダンは、硫酸化多糖類の仲間で海藻の種類によっても異なってきますが、モズクには特に「硫酸化フコース」「フコース」が多く含まれています。フコイダンは、科学的にはアガリクスなどと同じように、糖がいくつも結合しあってくっついた多糖体に分類されますが、フコイダンを構成する糖には、
「フコース」 「キシロース」 「ガラクトース」などの種類があります。 コンブ、ヒジキ、もずく、ワカメなどの海藻類のなかでも、フコイダンが一番多く含まれるのがモズクでコンブの５倍程度のフコイダンが含まれています。南太平洋のトンガの海は海洋汚染の影響がなく、ミネラル分を多く含んだ上質の天然モズクが育つことで知られています。
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